O tubo digestivo compreende porções bem distintas: boca, esôfago, estômago e intestino.
A boca é limitada pelo bico, desprovida de dentes, a língua em geral delgada, córnea e contrátil, podendo ser algumas vezes rudimentar e carnosa.
O esôfago é normalmente uniforme, ou apresenta uma dilatação, o papo.
O estômago compreende duas porções, o proventrículo, ventrículo sucenturiado ou ainda estômago glandular e a moela, estômago mecânico de paredes fortemente musculosas com uma espessa camada córnea.
O intestino delgado separa-se do estômago pelo piloro e prolonga-se pelo intestino grosso. Apresenta a partir do início vários cecos alongados, geralmente em número de dois. A última porção do intestino grosso abre-se na cloaca. Na parede dorsal do reto encontra-se a bolsa linfóide de Fabricus. Ocorrem órgãos anexos, como glândulas salivares, fígado e pâncreas.
As glândulas salivares são principalmente sublinguais e submaxilares e apresentam-se pouco desenvolvidas nas espécies aquáticas.
O fígado é volumoso e provido de dois a três lobos, com canais de escoamento da bílis, a vesícula biliar nem sempre existe.
O pâncreas aloja-se na alça duodental, em geral é bilobado e lança os produtos de secreção por dois ou três canais, na primeira porção do intestino delgado.
O regime alimentar das aves é muito diversificado, o que ocasiona inúmeras modificações na estrutura da moela e do papo, onde nas aves granívoras, a moela e o papo são muito desenvolvidos, e nas aves de rapina, que se alimentam de carne, esses órgãos se atrofiam ou podem falar.
Aparelho circulatório
Semelhante ao dos mamíferos, a circulação é dupla e completa.
O coração é formado por quatro cavidades, dois átrios e dois ventrículos, completamente separados, encerrados num pericárdio, formando duas circulações completamente independente.
A aorta localiza-se no ventrículo esquerdo, cuja croça curva-se para a direita, e ao ramificar-se, fornece sangue arterial (rico em oxigênio) a todo organismo.
O sangue venoso volta ao coração na aurícula direita, por três veias cavas, duas inferiores e uma superior. Há um sistema porta-hepático e outro renal.
O sangue pode ir diretamente do intestino ao coração, sem passar pelo fígado, por intermédio da veia de Jacobson, anastomose existente entre a veia porta do intestino e cada rim.
As aves de vôo curto possuem coração pequeno e nas de vôo longo o coração é muito desenvolvido, chegando à pulsações cardíacas de 120 por minuto.
Aparelho respiratório
Compreende os pulmões, que ocupam a oitava parte da capacidade torácica. Situam-se juntos à parede dorsal, na qual aderem fortemente.
A respiração é muito ativa, duas vezes mais que nos mamíferos.
Como a dilatação dos pulmões é limitada, ocorrem sacos aéreos, que favorecem a ventilação pulmonar e facilitam o vôo. Os sacos aéreos são em números de nove, sendo quatro pares: cervicais, diafragmáticos anteriores, diafragmáticos posteriores e abdominais, e um ímpar, o interclavicular.
Todos se comunicam com os ossos pneumáticos, com exceção dos diafragmáticos.
Com o movimento das assas há uma contração e um relaxamento dos músculos motores, e os sacos aéreos se contraem e se dilatam, determinando uma corrente de ar, de inspiração e expiração.
Na parte superior dos pulmões, encontra-se a traquéia, mais ou menos longa, que se burfica em dois brônquios. A primeira porção da traquéia forma a laringe superior, constituída de cartilagens, mais, desprovidas de cordas vocais e ventrículos, a glote tem forma de fenda, mas não há epiglote.
A traquéia coloca-se na parte anterior da coluna vertebral, e pode se curvar formando alças e é constituída de anéis cartilaginosos, moles, endurecidos ou ossificados. Na porção terminal da traquéia, no inicio dos brônquios, encontra-se a laringe inferior ou siringe, muito desenvolvida nos pássaros canoros, que é o órgão de formação dos mesmos, e tem estrutura complicada.
Aparelho urogenital
Compreende dois rins localizados na face interna do saco de onde partem os ureteres, que desembocam na cloaca.
Cada rim esta dividido em três lobos. Os machos apresentam dois testículos, situados próximos aos rins, provido de canais deferentes ou espermoductos e de vesículas seminais, ambos abrindo-se na cloaca. Nas fêmeas, o aparelho reprodutor é formado por um único ovário, em forma de cacho, localizado ao lado esquerdo, com vesículas, ovissaco, que encerram os óvulos.
Na maturação os óvulos caem na cavidade abdominal, passando para o oviduto assim dividido: Pavilhão ou trompa, tubo albuminíparo, onde se processa a elaboração da clara do ovo, e a câmara da casca, onde se forma a casca.
A fecundação se dá quando o macho abandona os espermatozóides na cloaca da fêmea, os quais através do oviduto, ao se encontrarem com os óvulos, os fecundam.
Sistema muscular
Dentre os músculos das aves, os mais desenvolvidos são os peitorais, que se inserem sobre a lâmina lateral, e sobre a Carina do esterno.
São eles que movimentam as asas durante o vôo.
Em seguida vem em importância, os músculos da coxa.
Quando os artelhos posteriores se flexionam contra o corpo, os músculos da coxa dobram-se automaticamente sem que haja esforço muscular.
Graças a tal disposição os rapaces predam a presa com facilidade.
Sistema nervoso
O cérebro e o cerebelo apresentam-se mais desenvolvidos do que as outras partes do encéfalo, que ocupa toda cavidade craniana. O cérebro compreende dois hemisférios lisos e um corpo caloso rudimentar.
Os corpos estriados são desenvolvidos e a epífise com as camas ópticas apresentam pequeno desenvolvimento.
Os lobos ópticos em número de dois são volumosos tubérculos bigêmeos.
O aqueduto de Silvius é maior que nos mamíferos e a ponte de Voroli encontra-se de uma simples faixa transversal.
A médula raquiana apresenta dois espessamentos como nos mamíferos, cervical e lombar.
Ao nível do espessamento lombar há uma dilatação chamada ventrículo ou seio romboidal.
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